4.1
转录组的操作性定义、表达调控的生物学背景，以及从 Northern 印迹到高通量并行测量的技术动机。
4.2
双色点样阵列与原位合成寡核苷酸阵列的结构、探针设计原则，及完美匹配—错配探针对的设计逻辑。
4.3
从 RNA 提取到图像分析的完整流程，生物学重复与技术重复的区分、随机化、区组与染料交换原则。
4.4
背景校正、LOWESS 等归一化方法、对数比值变换，线性模型与错误发现率控制的统计框架。
4.5
距离度量、层次聚类与热图、主成分分析，有监督分类的交叉验证与过拟合警示，及肿瘤分型案例。
4.6
串联标签的构建与计数原理，「表达即可数」思想对后来计数式定量技术的影响。
4.7
文库构建、比对与转录本定量，RPKM/FPKM/TPM 的定义，负二项模型，及与微阵列的比较。
4.8
酵母双峰生长转换的转录程序、肿瘤分子分型与预后签名的实例分析，及原书时点的技术展望。
本章参考文献与延伸阅读
- Gibson G, Muse SV. 2009. A Primer of Genome Science, 3rd ed. Sunderland (MA): Sinauer Associates. (Chapter 4)
- Schena M, et al. 1995. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science 270: 467–470.
- DeRisi JL, Iyer VR, Brown PO. 1997. Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale. Science 278: 680–686.
- Golub TR, et al. 1999. Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring. Science 286: 531–537.
- Mortazavi A, et al. 2008. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. Nature Methods 5: 621–628.