亲和路线的哲学与质谱相反：先验地选定一组目标蛋白，用抗体（或适配体等亲和试剂）把它们从千万个细胞中"点名"。测量因此变得极其灵敏与稳定——抗体把化学信号放大成了可数的物理事件——但覆盖被限制在试剂盒之内，定量也带着结合动力学的系统性偏差。
本章的两条主线常被误当作"低维"技术：质谱流式的金属通道已逾五十，CITE-seq 的数百种抗体组合亦成常规。它们与质谱路线的关系是互补：一个细胞类型图谱可以用亲和路线铺开，再用质谱路线深挖状态转换的分子细节。3.3 节把这套权衡写成决策框架，3.4 节则处理两条数据流在同一细胞上汇合后的建模问题。
3.1
质谱流式：金属标签的高维细胞测量
CyTOF 的同位素标签与飞行时间检测；通道数、缺失结构与条码混样；数据的特点。
3.2
CITE-seq：用测序读出表面蛋白
抗体衍生标签的化学结构；poly(A) 捕获让蛋白与转录共用一套测序读出；ADT 信号特点。
3.3
路线抉择：通量、覆盖与定量的权衡
质谱、质谱流式与 CITE-seq 的三边对照；按生物学问题选方法的决策树。
3.4
蛋白与转录的联合建模
配对多组学的数据结构；加权最近邻与因子分解两条整合思路；跨模态互相验证。