0.1 全书目录
| 章 | 主题 | 小节（每节一个知识点） |
|---|---|---|
| 第一章 | 为何测量单个细胞的蛋白 | 1.1 转录与翻译之间 · 1.2 均值的假象 · 1.3 两条技术路线 · 1.4 质谱蛋白组学的工作原理 |
| 第二章 | 质谱路线的实验方法 | 2.1 皮克级样品 · 2.2 SCoPE-MS 与等压载体 · 2.3 SCoPE2 的稳健化 · 2.4 nPOP 一步法 · 2.5 免标记与 DIA · 2.6 仪器前沿与深度边界 |
| 第三章 | 亲和路线与联合分析 | 3.1 质谱流式 CyTOF · 3.2 CITE-seq · 3.3 路线抉择 · 3.4 蛋白与转录的联合建模 |
| 第四章 | 数据处理与质量控制 | 4.1 定量矩阵的解剖 · 4.2 scp 包与 QFeatures · 4.3 标准化流程 · 4.4 缺失值 · 4.5 载体的代价 · 4.6 批次效应 |
| 第五章 | 统计分析、基准评测与前沿 | 5.1 降维、聚类与差异丰度 · 5.2 DIA 流程基准评测 · 5.3 ANPELA 流程导航 · 5.4 scPROTEIN 深度学习嵌入 · 5.5 评估的试金石 · 5.6 走向临床 · 5.7 资源地图与上手路径 |
0.2 体例与事实口径
各节按"概念—机理—假设与局限"展开：公式按节编号并给出符号说明；图示为内联矢量图；每节配二至四个习题（含解答）、关键术语表与参考文献，文献只列真实可查者。方法之间不作褒贬，只讲适用条件与代价。
事实口径（2026 年 8 月核实）：领域奠基方法 SCoPE-MS 预印本于 2017 年问世、2018 年见刊，SCoPE2 于 2021 年达到单细胞约千种蛋白、十余天千余细胞的规模；当前免标记与多重标记流程已可在单个细胞定量数千种蛋白。全书性能数字一律标量级与出处，仪器迭代造成的口径差异随文括注。