过去十年，单细胞转录组学把"细胞异质性"从组织学观察变成了可计算的数据对象。但转录组测的是蓝图，不是成品：从信使 RNA 到有功能的蛋白，隔着翻译效率、降解速率与翻译后修饰三道关口。若要追问一个细胞正在做什么——而不是它可能做什么——就必须直接测量蛋白。
直接测量的代价极高：一个哺乳动物细胞只含约 100–200 皮克蛋白，比常规蛋白组学样品少三个数量级。围绕这份微量样品，领域发展出两条互补的技术路线：依赖亲和试剂的高通量测量（质谱流式、CITE-seq），与不依赖抗体的质谱测量（SCoPE2、nPOP、DIA 系列）。本章先把"为什么"讲透，再把路线图摊开；第二章起逐一走通。
1.1
转录与翻译之间：为什么蛋白必须直接测量
mRNA 与蛋白丰度的相关性只有中等水平；翻译调控、蛋白寿命与翻译后修饰让转录无法代言蛋白。
1.2
均值的假象：细胞异质性与单细胞分辨率
整体测量给出的是加权平均，异质群体里不存在"平均细胞"；单细胞分辨率的生物学价值。
1.3
两条技术路线：亲和试剂与质谱
抗体亲和测量与质谱测量的原理分野、覆盖范围与误差来源；互补而非替代的关系。
1.4
一次 LC-MS/MS 分析：质谱蛋白组学的工作原理
酶解、色谱分离、一级与二级质谱、数据依赖与数据非依赖采集；肽段鉴定与定量的物理基础。