第5章 · 5.10

5.10 从相关表到分子图

From Correlation Tables to Molecular Graphs
本页范围与学习目标
二维谱的交叉峰记录核之间的实验关系,连接结构还须满足原子计数、价态与不饱和度。本节用带季碳的环酮教学案例建立逐峰指认表,逐步连接片段并完成环闭合;同时记录不能解释的证据、缺峰与等价环境。有限候选交互展示证据不足和可区分状态,使每一条连接都能回到具体数据与解释条件。
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相关表到分子图需要逐条翻译

相关网络与分子成键图不是同一张图,需要机制解释把它们连接起来。

相关表到分子图需要逐条翻译 步骤 1 峰先编号 保持观测标签 不提前写入结构答案 步骤 2 关系按类型登记 一键、耦合、长程 分别保留机制与状态 步骤 3 候选图逐项核对 连氢碳、季碳和环 同时闭合原子账 相关表到分子图需要逐条翻译 步骤 1 峰先编号 保持观测标签 不提前写入结构答案 步骤 2 关系按类型登记 一键、耦合、长程 分别保留机制与状态 步骤 3 候选图逐项核对 连氢碳、季碳和环 同时闭合原子账
图 5.10-1 本页概念关系图。箭头表示本页采用的检查顺序。

读图时保留这项条件:缺少关系不自动表示没有化学键,矛盾和歧义都应保留。

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把同一套编号放到四类关系里比较

依次切换实验机制,检查哪些约束可合并,哪些关系需要保留类型。

把同一套编号放到四类关系里比较C1H13 HC2H22 HC3H32 HOOH 未显示;圆圈只表示连接位置
COSY 构造坐标
COSY 构造坐标氢位移 / ppm0123401234氢位移 / ppm
入口分组H1
本模型相关H2
入口氢位移0.95 ppm
把同一套编号放到四类关系里比较C1H13 HC2H22 HC3H32 HOOH 未显示;圆圈只表示连接位置

图 5.10-2 图上的关系来自指定教学模型;分子图与谱图关系图仍须通过机制解释连接。

5.10.1 先编号,再区分两种图

从相关表建立连接结构,首先要固定编号和记录单位。本节以前面的碳谱、COSY、HSQC与HMBC为先修,目标是把分子式、信号清单和相关清单组织成可检查的连接方案。逐峰指认(peak assignment)把一个信号或多重峰区域对应到一个或一组原子;多重峰内部的每条谱线不另设一个原子。先给氢信号字母A、B、C、D,给碳环境临时号,再在候选结构上固定C1至C7。H3表示连在C3上的氢集合;需要区分两氢时再写H3a、H3b,不能未经证据便赋予空间方向。

展开说明与推导

相关图(correlation graph)的节点可以是信号,边带有实验名称。COSY边表示在该实验中检出的氢—氢标量耦合关系,HSQC边通常表示一键氢—碳对应,HMBC边记录长程氢—碳相关。三者的边含义不同,不能合并成一种邻接关系。分子图(molecular graph)的节点则是原子,边是有键级的化学键。把HMBC的H3—C1画成C3—C1单键,会把一条可能跨越多个键的观察压缩成错误结构。Claridge(2016)将谱指认与结构解析并列讨论,读表时也应保留这两个任务的区别。

定义

约束(constraint)是候选须解释的观察或化学条件。每条记录至少包括两端信号、谱种、观察状态和解释前提。例如“B与C有COSY峰;在本题已核验的邻位耦合模型下支持C3—C4”,保留了从观察到化学键的推理步骤。

展开说明与推导

编号服务于追踪证据,不承担命名规则。改动候选时应保留信号字母,明确旧碳标签与新原子的对应。两个碳环境偶然重合时,可以在同一位移下暂列两个原子;两个有环境等价依据的碳,也可能共享一行。Nowick的有机波谱题库将对称性与多谱联合解析列为练习内容,正是因为信号数和原子数之间还需要这一步解释。

图 5.10-3 相关边不能直接替代化学键 信号相关图(部分教学记录) 候选分子图(原子与化学键) B / H3C / H4D / H5 COSYCOSY A / H6, H7C2C1 HMBCHMBC 虚线:长程相关;不规定固定键数 OC1 C2C3 C4C5 C6C7
图 5.10-3 原创示意。左图仅显示部分相关,右图显示最后得到的编号结构。H6/H7到C1的HMBC边在右图中由H—C6/7—C2—C1路径解释,C6/7与C1之间没有直接化学键。

5.10.2 建立能对账的逐峰指认表

以下分子式、位移、积分和相关全部为本节教学设定,不来自实测样品,也不作为该化合物的参考谱。设单一中性C/H/O化合物的分子式为C7H12O,讨论非手性溶液条件。表中每个CH2只列合并多重峰区域的中心,不作两氢的立体指认或磁等价假设。碳谱、编辑实验与氢积分共同支持三个CH2、两个CH3、一个饱和无氢碳和一个无氢羰基;两个CH3共享一个碳环境,其原子数须结合6H积分确认。溶剂信号和杂质已在本题前提中排除,积分只用来核对相对氢数。

表 5.10-1 教学逐峰指认表:位移以ppm表示,编号为最终候选的原子标签
信号/原子δH、氢数、形态δC、碳类型已观察相关指认状态
A:H6/H7;C6/C71.08;6H;s25.0;2个CH3共一环境HSQC→25.0;HMBC→C2、C1、C3等价甲基集合;不能单独区分6与7
B:H3;C31.80;2H;m38.0;CH2HSQC→38.0;COSY→C;HMBC→C2、C1、C6/C7季碳一侧的链端
C:H4;C41.92;2H;m21.0;CH2HSQC→21.0;COSY→B、D;HMBC→C1三个亚甲基的中间位点
D:H5;C52.32;2H;m39.0;CH2HSQC→39.0;COSY→C;HMBC→C1羰基一侧的链端
无氢位点C2不适用48.0;饱和无氢碳由碳谱记录;HSQC无对应;接收A、B的HMBC结合碳类型与连接确定为季碳
无氢位点C1不适用216.0;无氢羰基由碳谱记录;接收A、B、C、D的HMBC本题的酮羰基
展开说明与推导

先核对总量,再解释连接。A的6H加B、C、D各2H,共12H;两个甲基碳、三个亚甲基碳和两个无氢碳,共7C。碳谱只有六个环境也能容纳七个碳,不能因少一条信号就删去一个甲基。对只含C、H、O的中性常规价态分子,使用已学不饱和度公式:

\[\mathrm{DBE}=\frac{2n_{\mathrm C}+2-n_{\mathrm H}}{2}=\frac{2\times7+2-12}{2}=2.\]
(5.10-1)

\(n_{\mathrm C}\)与\(n_{\mathrm H}\)分别是分子式给出的碳数与氢数,不是信号行数;DBE为无量纲计数。一个羰基双键占一项,剩余一项必须由环或另一多重键解释。本题已设其余碳均为饱和碳,因而还需要一个环。这个结论依赖碳类型已经可靠确定;若碳谱漏掉烯碳,单凭氢谱没有烯氢仍不能排除无氢双键。

无氢羰基与醛基必须分开记录。酮的羰基碳没有直接相连的氢,不能在普通HSQC上寻找它的自身氢信号;醛羰基属于CH,原则上具有一键氢—碳对应,但采集谱宽与转移条件仍可能影响检出。仅以“HSQC缺峰”把一个羰基称为季碳不够。本题的无氢分类来自碳谱和编辑证据的联合前提。严格结构术语中,C2是连四个碳的饱和季碳,C1则称无氢羰基碳,避免让“季碳”掩盖两者的键级差别。

习题 5.10-1 六个碳环境能否满足七碳分子式?

使用表5.10-1,计算碳数、氢数和DBE。若把A误当成一个CH3,会发生什么矛盾?

参考解答

C6/C7共有2C和6H,C3/C4/C5共有3C和6H,C1/C2共有2C和0H,合计7C、12H。\(\mathrm{DBE}=(14+2-12)/2=2\),对应本题羰基与一环。把A只分配给一个CH3会仅有6C、9H,与分子式和6H积分同时矛盾。六行碳环境不等于六个碳原子;保留C6/C7共同指认,不能无依据把共享环境拆成两个不同位移。

5.10.3 连接片段、容纳季碳并闭合环

片段连接(fragment assembly)从已建立的局部结构继续分配剩余价键。本题额外给定COSY的B—C与C—D均为主导邻位氢—氢耦合;这是教学模型的已知条件,并非仅凭COSY阳性就能推出的结论。再用HSQC将三组氢分别落到C3、C4、C5,得到C3—C4—C5亚甲基链。COSY本身也可能显示长程关系,真实数据若没有独立依据,应先写“支持该链”,保留其他耦合路径。TOCSY若同时出现B—D,仅补充同一自旋系统的归属,不能另添C3—C5键。

展开说明与推导

A的甲基集合与饱和无氢C2有HMBC,且没有明确的甲基—亚甲基邻位COSY。本题先提出两个甲基都连在C2的方案。单看A—C2相关还不能证明这条直接碳—碳连接;还要检验A到C1、C3,以及B到C2、C1和C6/C7的全部路径。若C6和C7都接C2,A—C2可由两键H—C6/7—C2解释,A—C1、A—C3分别可由三键路径解释,B—C6/C7同样经C3—C2到达。此方案让C2已占用三个碳邻居C3、C6、C7,尚余一个邻居。

方法

每加一条化学键,立即更新三个记录:两端原子的剩余价键、它新解释的相关、它与已有观察的冲突。HMBC路径数从氢出发计算,H—C6是一键,C6—C2是第二键,C2—C1是第三键;把起始H—C键漏掉,会把三键相关误写为两键。

展开说明与推导

接着让C2的第四个碳邻居为羰基C1。此时A与B到C1分别有三键路径,C1还需要第二个单键碳邻居。C3和C5都是CH2链端,各已有一个链内邻居;但C3已经接C2,两个碳邻居与两个氢恰好满足价态。C5仍只有C4一个碳邻居,必须补足另一个。把C5接回C1,就得到C1—C2—C3—C4—C5—C1五元环,D—C1为两键,C—C1为三键。没有凭缺失的H5—C2相关否定这一闭合。

环闭合(ring closure)须同时消耗尚未满足的价键并符合DBE。最后的碳邻接清单是C1:{C2,C5},C2:{C1,C3,C6,C7},C3:{C2,C4},C4:{C3,C5},C5:{C4,C1},C6:{C2},C7:{C2},另有C1与O的双键。七个碳节点间有七条单键邻接边,连通图比无环所需的六条多一条,故只有一个独立环。检查C1的键级和为4、C2四条单键、每个CH2两个碳邻居、每个CH3一个碳邻居,全部吻合。

所得连接结构为2,2-二甲基环戊酮;这是在本题分子式、碳分类及邻位COSY解释前提下的结论。连接清单比一个未编号的名称更便于验算,读者可以逐条重建表内路径。Silverstein等(2014)强调多种谱学资料联合识别结构;此处的分子式和碳类型确实是额外输入,不能把结果归为“氢谱独自确定结构”。

图 5.10-4 片段连接与价态核验 先保留片段与开放价键 C3C4C5 C6C2C7 C2余两条碳价键 加入C1后连接C2—C3、C1—C5 闭合后逐条数HMBC路径 C1=OC2 C3C4C5 C6C7 H6—C6—C2—C1:三键 H5—C5—C1:两键 闭合键
图 5.10-4 原创教学示意。左侧两个片段暂不带羰基;右侧加入C1并补全连接,章色边为C5—C1闭合键。路径键数包含起始H—C键,图中短横线表示实际化学键。
习题 5.10-2 逐条验算连接结构

按本节邻接清单,列出A→C3、B→C6、C→C1、D→C1的最短路径及键数。能否把A→C1解释为C6—C1直接相连?

参考解答

四条路径依次为H6—C6—C2—C3(三键)、H3—C3—C2—C6(三键)、H4—C4—C5—C1(三键)、H5—C5—C1(两键);H7的对应路径与H6相同。若额外添C6—C1,C6已有C2和三个氢,会超过碳的常规价态,C1也已由O双键和C2、C5两条单键占满价态。因此该直接连接违反完整计数;A→C1由已有三键路径解释即可。

5.10.4 维护矛盾清单,避免由缺峰倒推结构

矛盾清单(contradiction log)记录候选、冲突观察、所依赖的前提及处理结果。硬性的分子式或价态冲突,应与实验解释尚不确定分开。一个候选要求额外CH,却只有可靠的CH2/CH3分类,这是碳类型冲突;一个候选要用四键解释HMBC相关,往往只是需要复查的路径假设。不能给两者相同的排除权重。

表 5.10-2 本例矛盾与未决事项的记录方式
候选/提议冲突或疑点处理与条件
不闭环的开放链C5缺一个碳邻居;DBE尚余一项碳分类前提下排除;不能擅添末端氢
3,3-二甲基环戊酮三个CH2不构成本题的连续邻位链在已核验邻位COSY模型下排除;普通COSY需复查长程可能
未检出H5→C2最终结构仍有三键H5—C5—C1—C2记为未检出;不自动删去C1—C2
C6与C7各自的编号共享氢、碳环境;无法独立区分保持C6/C7集合指认,不虚报单原子分辨
展开说明与推导

Oxford用户指南(Odell与Claridge,2009)指出HMBC通常检出较小的长程耦合,不能直接区分两键与三键;更长路径也可能可见。转移延迟、耦合大小和线宽都会影响检出,所以峰强也不能作为固定键数标签。对本例,可说明每条观察均有常见两键或三键解释,却不能反过来宣布“凡三键必有峰”。原始观察表应另设“未检出”栏,记阈值、重叠情况与谱宽;只有实验灵敏度、路径预期等条件受到控制后,缺峰才可能提供较强的反证。

警示

单个相关的缺失不等于化学键缺失;相关的存在也不等于两端原子直接相连。先复核信号是否归于同一样品、是否重叠或有伪影,再判断候选所需路径。伪影的具体诊断见5.11节。

展开说明与推导

集合指认(group assignment)保留目前只能作为一组确定的原子。对本例最终候选的两个甲基做取代检验,分别替换后得到对映关系,可在非手性介质中支持环境等价;相同位移是其结果之一,不能单凭同频证明等价。CH2内的两氢即使共享位移,也仍可能对其他核有不同耦合,不能自动套用磁等价。一旦改用手性环境或分辨出两个区域,应更新原子—信号映射,并保留旧版本条件。

5.10.5 用有限候选检验证据的区分能力

下面的交互只比较三个预先列明、化学合法的C7H12O候选。各候选的原子标签固定,C1都是羰基碳;标签不等于系统命名的位置号。HSQC选项连同可靠的编辑碳类型一起使用,COSY选项采用本题已核验为邻位耦合的条件。HMBC选项只核对A到羰基存在合理路径,不将四键一律排除。勾选缺峰观察应改变记录内容,但不改变保留数。它是证据检查练习,固定候选表不承担通用计算机辅助结构解析功能。

表 5.10-3 交互中的固定候选与原子编号
候选碳环顺序与支链碳类型和甲基到C1路径
A:2,2-二甲基环戊酮C1—C2—C3—C4—C5—C1;C6、C7均接C23CH2、2CH3、2无氢碳;H6→C1三键
B:3,3-二甲基环戊酮C1—C3—C2—C4—C5—C1;C6、C7均接C2同样的碳类型;H6→C1最短四键
C:2-甲基环己酮C1—C2—C3—C4—C5—C6—C1;C7接C24CH2、1CH、1CH3、1无氢碳;H7→C1三键
教学证据拼接

基础输入:分子式C7H12O、一个酮羰基和一个环。只在上述三个候选中比较;位移数值不作为自动筛选项。

逐项启用已核验的教学证据

已启用证据:无。

保留3个候选:A、B、C。当前证据不能唯一确定。

  • A:保留;符合基础输入。
  • B:保留;符合基础输入。
  • C:保留;符合基础输入。

未检出观察尚未启用。

展开说明与推导

只启用碳类型时,A与B仍然保留,说明相同分子式与相同碳类型分布不保证连接相同;再启用经核验的邻位COSY才在此候选表内区分A。单独启用甲基到羰基的HMBC时,B的四键解释需要复查,却不能按固定键数规则直接淘汰。实际实验可从候选差异出发,检查B—C相关是否确属邻位、是否存在重叠,或选择适当的补充实验。报告同时保留证据充分程度与未决事项。

交付连接结构时,附上分子式来源、实验条件、原子编号、表5.10-1式逐峰指认、HMBC路径解释和矛盾清单。若只完成集合指认,应明确哪些原子仍不可区分;若结构仅在候选集合内可区分,也写清候选范围。Notre Dame的结构解析习题将多种谱放在同一问题中,适合继续训练这类完整记录;本节自编数据与图不转载其原谱。下一次解析可直接从已记录的未决事项选择实验。

习题 5.10-3 HMBC阳性和缺峰分别能排除什么?

交互中先只启用HSQC及碳类型,再加甲基到C1的HMBC,最后加入邻位COSY和未检出记录。每一步保留哪些候选?若COSY未经过邻位核验,结论应如何改写?

参考解答

第一步保留A、B;C的CH与CH3数量不符。第二步仍保留A、B:A有三键甲基—羰基路径,B有最短四键路径,HMBC不提供固定键数标签。加入已核验邻位COSY后,B的C3与C4隔着无氢C2,不能满足此邻位前提,故仅A保留。缺峰记录不再减少候选,因为A的H5—C5—C1—C2三键路径不保证可检出。若仅有普通COSY阳性、未确认其邻位性质,应保留B作为需检验长程耦合的方案,不能宣称已经硬性排除。

关键术语

逐峰指认 (peak assignment)
将信号或多重峰区域映射到原子或原子集合的记录。
相关图 (correlation graph)
以信号为节点、以带实验类型的相关为边的表示。
分子图 (molecular graph)
以原子为节点、以具有键级的化学键为边的连接表示。
约束 (constraint)
候选必须满足或合理解释的观察及化学条件。
片段连接 (fragment assembly)
在计数、价态和实验条件下将局部结构组成候选的过程。
环闭合 (ring closure)
连接已有路径两端并满足剩余价键和不饱和度的步骤。
矛盾清单 (contradiction log)
逐项记录候选冲突、解释前提和处理结果的表。
集合指认 (group assignment)
保留不能独立区分的等价或暂未分辨原子的一组指认。

参考文献与延伸阅读

  1. Claridge, Timothy D. W. 2016. High-Resolution NMR Techniques in Organic Chemistry, 3rd ed. Elsevier. 结构解析与谱指认的方法参考。出版社书目与目录。
  2. Odell, Barbara; Claridge, Tim. 2009. A User Guide to Modern NMR Experiments. University of Oxford, Chemistry Research Laboratory. HMBC、HSQC和缺峰条件参考;年份按PDF页眉,文件名含2013不作出版年份依据。官方PDF。
  3. Silverstein, Robert M.; Webster, Francis X.; Kiemle, David; Bryce, David L. 2014. Spectrometric Identification of Organic Compounds, 8th ed. Wiley. 多谱联合鉴定的教材参考。出版社书目。
  4. Nowick, James S. Organic Spectroscopy, Chem 203: Problems from Previous Years’ Exams. University of California, Irvine. 等价环境及一维、二维联合解析练习;网页未标单一出版年份。课程题库。
  5. Smith, Bradley D.; Boggess, Bill; Zajicek, Jaroslav. Organic Structure Elucidation: A Workbook of Unknowns. University of Notre Dame. 多谱结构解析练习;网页未标单一出版年份。官方习题集。