相关表到分子图需要逐条翻译
相关网络与分子成键图不是同一张图,需要机制解释把它们连接起来。
读图时保留这项条件:缺少关系不自动表示没有化学键,矛盾和歧义都应保留。
把同一套编号放到四类关系里比较
依次切换实验机制,检查哪些约束可合并,哪些关系需要保留类型。
5.10.1 先编号,再区分两种图
从相关表建立连接结构,首先要固定编号和记录单位。本节以前面的碳谱、COSY、HSQC与HMBC为先修,目标是把分子式、信号清单和相关清单组织成可检查的连接方案。逐峰指认(peak assignment)把一个信号或多重峰区域对应到一个或一组原子;多重峰内部的每条谱线不另设一个原子。先给氢信号字母A、B、C、D,给碳环境临时号,再在候选结构上固定C1至C7。H3表示连在C3上的氢集合;需要区分两氢时再写H3a、H3b,不能未经证据便赋予空间方向。
展开说明与推导
相关图(correlation graph)的节点可以是信号,边带有实验名称。COSY边表示在该实验中检出的氢—氢标量耦合关系,HSQC边通常表示一键氢—碳对应,HMBC边记录长程氢—碳相关。三者的边含义不同,不能合并成一种邻接关系。分子图(molecular graph)的节点则是原子,边是有键级的化学键。把HMBC的H3—C1画成C3—C1单键,会把一条可能跨越多个键的观察压缩成错误结构。Claridge(2016)将谱指认与结构解析并列讨论,读表时也应保留这两个任务的区别。
约束(constraint)是候选须解释的观察或化学条件。每条记录至少包括两端信号、谱种、观察状态和解释前提。例如“B与C有COSY峰;在本题已核验的邻位耦合模型下支持C3—C4”,保留了从观察到化学键的推理步骤。
展开说明与推导
编号服务于追踪证据,不承担命名规则。改动候选时应保留信号字母,明确旧碳标签与新原子的对应。两个碳环境偶然重合时,可以在同一位移下暂列两个原子;两个有环境等价依据的碳,也可能共享一行。Nowick的有机波谱题库将对称性与多谱联合解析列为练习内容,正是因为信号数和原子数之间还需要这一步解释。
5.10.2 建立能对账的逐峰指认表
以下分子式、位移、积分和相关全部为本节教学设定,不来自实测样品,也不作为该化合物的参考谱。设单一中性C/H/O化合物的分子式为C7H12O,讨论非手性溶液条件。表中每个CH2只列合并多重峰区域的中心,不作两氢的立体指认或磁等价假设。碳谱、编辑实验与氢积分共同支持三个CH2、两个CH3、一个饱和无氢碳和一个无氢羰基;两个CH3共享一个碳环境,其原子数须结合6H积分确认。溶剂信号和杂质已在本题前提中排除,积分只用来核对相对氢数。
| 信号/原子 | δH、氢数、形态 | δC、碳类型 | 已观察相关 | 指认状态 |
|---|---|---|---|---|
| A:H6/H7;C6/C7 | 1.08;6H;s | 25.0;2个CH3共一环境 | HSQC→25.0;HMBC→C2、C1、C3 | 等价甲基集合;不能单独区分6与7 |
| B:H3;C3 | 1.80;2H;m | 38.0;CH2 | HSQC→38.0;COSY→C;HMBC→C2、C1、C6/C7 | 季碳一侧的链端 |
| C:H4;C4 | 1.92;2H;m | 21.0;CH2 | HSQC→21.0;COSY→B、D;HMBC→C1 | 三个亚甲基的中间位点 |
| D:H5;C5 | 2.32;2H;m | 39.0;CH2 | HSQC→39.0;COSY→C;HMBC→C1 | 羰基一侧的链端 |
| 无氢位点C2 | 不适用 | 48.0;饱和无氢碳 | 由碳谱记录;HSQC无对应;接收A、B的HMBC | 结合碳类型与连接确定为季碳 |
| 无氢位点C1 | 不适用 | 216.0;无氢羰基 | 由碳谱记录;接收A、B、C、D的HMBC | 本题的酮羰基 |
展开说明与推导
先核对总量,再解释连接。A的6H加B、C、D各2H,共12H;两个甲基碳、三个亚甲基碳和两个无氢碳,共7C。碳谱只有六个环境也能容纳七个碳,不能因少一条信号就删去一个甲基。对只含C、H、O的中性常规价态分子,使用已学不饱和度公式:
\(n_{\mathrm C}\)与\(n_{\mathrm H}\)分别是分子式给出的碳数与氢数,不是信号行数;DBE为无量纲计数。一个羰基双键占一项,剩余一项必须由环或另一多重键解释。本题已设其余碳均为饱和碳,因而还需要一个环。这个结论依赖碳类型已经可靠确定;若碳谱漏掉烯碳,单凭氢谱没有烯氢仍不能排除无氢双键。
无氢羰基与醛基必须分开记录。酮的羰基碳没有直接相连的氢,不能在普通HSQC上寻找它的自身氢信号;醛羰基属于CH,原则上具有一键氢—碳对应,但采集谱宽与转移条件仍可能影响检出。仅以“HSQC缺峰”把一个羰基称为季碳不够。本题的无氢分类来自碳谱和编辑证据的联合前提。严格结构术语中,C2是连四个碳的饱和季碳,C1则称无氢羰基碳,避免让“季碳”掩盖两者的键级差别。
习题 5.10-1 六个碳环境能否满足七碳分子式?
使用表5.10-1,计算碳数、氢数和DBE。若把A误当成一个CH3,会发生什么矛盾?
参考解答C6/C7共有2C和6H,C3/C4/C5共有3C和6H,C1/C2共有2C和0H,合计7C、12H。\(\mathrm{DBE}=(14+2-12)/2=2\),对应本题羰基与一环。把A只分配给一个CH3会仅有6C、9H,与分子式和6H积分同时矛盾。六行碳环境不等于六个碳原子;保留C6/C7共同指认,不能无依据把共享环境拆成两个不同位移。
5.10.3 连接片段、容纳季碳并闭合环
片段连接(fragment assembly)从已建立的局部结构继续分配剩余价键。本题额外给定COSY的B—C与C—D均为主导邻位氢—氢耦合;这是教学模型的已知条件,并非仅凭COSY阳性就能推出的结论。再用HSQC将三组氢分别落到C3、C4、C5,得到C3—C4—C5亚甲基链。COSY本身也可能显示长程关系,真实数据若没有独立依据,应先写“支持该链”,保留其他耦合路径。TOCSY若同时出现B—D,仅补充同一自旋系统的归属,不能另添C3—C5键。
展开说明与推导
A的甲基集合与饱和无氢C2有HMBC,且没有明确的甲基—亚甲基邻位COSY。本题先提出两个甲基都连在C2的方案。单看A—C2相关还不能证明这条直接碳—碳连接;还要检验A到C1、C3,以及B到C2、C1和C6/C7的全部路径。若C6和C7都接C2,A—C2可由两键H—C6/7—C2解释,A—C1、A—C3分别可由三键路径解释,B—C6/C7同样经C3—C2到达。此方案让C2已占用三个碳邻居C3、C6、C7,尚余一个邻居。
每加一条化学键,立即更新三个记录:两端原子的剩余价键、它新解释的相关、它与已有观察的冲突。HMBC路径数从氢出发计算,H—C6是一键,C6—C2是第二键,C2—C1是第三键;把起始H—C键漏掉,会把三键相关误写为两键。
展开说明与推导
接着让C2的第四个碳邻居为羰基C1。此时A与B到C1分别有三键路径,C1还需要第二个单键碳邻居。C3和C5都是CH2链端,各已有一个链内邻居;但C3已经接C2,两个碳邻居与两个氢恰好满足价态。C5仍只有C4一个碳邻居,必须补足另一个。把C5接回C1,就得到C1—C2—C3—C4—C5—C1五元环,D—C1为两键,C—C1为三键。没有凭缺失的H5—C2相关否定这一闭合。
环闭合(ring closure)须同时消耗尚未满足的价键并符合DBE。最后的碳邻接清单是C1:{C2,C5},C2:{C1,C3,C6,C7},C3:{C2,C4},C4:{C3,C5},C5:{C4,C1},C6:{C2},C7:{C2},另有C1与O的双键。七个碳节点间有七条单键邻接边,连通图比无环所需的六条多一条,故只有一个独立环。检查C1的键级和为4、C2四条单键、每个CH2两个碳邻居、每个CH3一个碳邻居,全部吻合。
所得连接结构为2,2-二甲基环戊酮;这是在本题分子式、碳分类及邻位COSY解释前提下的结论。连接清单比一个未编号的名称更便于验算,读者可以逐条重建表内路径。Silverstein等(2014)强调多种谱学资料联合识别结构;此处的分子式和碳类型确实是额外输入,不能把结果归为“氢谱独自确定结构”。
习题 5.10-2 逐条验算连接结构
按本节邻接清单,列出A→C3、B→C6、C→C1、D→C1的最短路径及键数。能否把A→C1解释为C6—C1直接相连?
参考解答四条路径依次为H6—C6—C2—C3(三键)、H3—C3—C2—C6(三键)、H4—C4—C5—C1(三键)、H5—C5—C1(两键);H7的对应路径与H6相同。若额外添C6—C1,C6已有C2和三个氢,会超过碳的常规价态,C1也已由O双键和C2、C5两条单键占满价态。因此该直接连接违反完整计数;A→C1由已有三键路径解释即可。
5.10.4 维护矛盾清单,避免由缺峰倒推结构
矛盾清单(contradiction log)记录候选、冲突观察、所依赖的前提及处理结果。硬性的分子式或价态冲突,应与实验解释尚不确定分开。一个候选要求额外CH,却只有可靠的CH2/CH3分类,这是碳类型冲突;一个候选要用四键解释HMBC相关,往往只是需要复查的路径假设。不能给两者相同的排除权重。
| 候选/提议 | 冲突或疑点 | 处理与条件 |
|---|---|---|
| 不闭环的开放链 | C5缺一个碳邻居;DBE尚余一项 | 碳分类前提下排除;不能擅添末端氢 |
| 3,3-二甲基环戊酮 | 三个CH2不构成本题的连续邻位链 | 在已核验邻位COSY模型下排除;普通COSY需复查长程可能 |
| 未检出H5→C2 | 最终结构仍有三键H5—C5—C1—C2 | 记为未检出;不自动删去C1—C2 |
| C6与C7各自的编号 | 共享氢、碳环境;无法独立区分 | 保持C6/C7集合指认,不虚报单原子分辨 |
展开说明与推导
Oxford用户指南(Odell与Claridge,2009)指出HMBC通常检出较小的长程耦合,不能直接区分两键与三键;更长路径也可能可见。转移延迟、耦合大小和线宽都会影响检出,所以峰强也不能作为固定键数标签。对本例,可说明每条观察均有常见两键或三键解释,却不能反过来宣布“凡三键必有峰”。原始观察表应另设“未检出”栏,记阈值、重叠情况与谱宽;只有实验灵敏度、路径预期等条件受到控制后,缺峰才可能提供较强的反证。
单个相关的缺失不等于化学键缺失;相关的存在也不等于两端原子直接相连。先复核信号是否归于同一样品、是否重叠或有伪影,再判断候选所需路径。伪影的具体诊断见5.11节。
展开说明与推导
集合指认(group assignment)保留目前只能作为一组确定的原子。对本例最终候选的两个甲基做取代检验,分别替换后得到对映关系,可在非手性介质中支持环境等价;相同位移是其结果之一,不能单凭同频证明等价。CH2内的两氢即使共享位移,也仍可能对其他核有不同耦合,不能自动套用磁等价。一旦改用手性环境或分辨出两个区域,应更新原子—信号映射,并保留旧版本条件。
5.10.5 用有限候选检验证据的区分能力
下面的交互只比较三个预先列明、化学合法的C7H12O候选。各候选的原子标签固定,C1都是羰基碳;标签不等于系统命名的位置号。HSQC选项连同可靠的编辑碳类型一起使用,COSY选项采用本题已核验为邻位耦合的条件。HMBC选项只核对A到羰基存在合理路径,不将四键一律排除。勾选缺峰观察应改变记录内容,但不改变保留数。它是证据检查练习,固定候选表不承担通用计算机辅助结构解析功能。
| 候选 | 碳环顺序与支链 | 碳类型和甲基到C1路径 |
|---|---|---|
| A:2,2-二甲基环戊酮 | C1—C2—C3—C4—C5—C1;C6、C7均接C2 | 3CH2、2CH3、2无氢碳;H6→C1三键 |
| B:3,3-二甲基环戊酮 | C1—C3—C2—C4—C5—C1;C6、C7均接C2 | 同样的碳类型;H6→C1最短四键 |
| C:2-甲基环己酮 | C1—C2—C3—C4—C5—C6—C1;C7接C2 | 4CH2、1CH、1CH3、1无氢碳;H7→C1三键 |
基础输入:分子式C7H12O、一个酮羰基和一个环。只在上述三个候选中比较;位移数值不作为自动筛选项。
已启用证据:无。
保留3个候选:A、B、C。当前证据不能唯一确定。
- A:保留;符合基础输入。
- B:保留;符合基础输入。
- C:保留;符合基础输入。
未检出观察尚未启用。
展开说明与推导
只启用碳类型时,A与B仍然保留,说明相同分子式与相同碳类型分布不保证连接相同;再启用经核验的邻位COSY才在此候选表内区分A。单独启用甲基到羰基的HMBC时,B的四键解释需要复查,却不能按固定键数规则直接淘汰。实际实验可从候选差异出发,检查B—C相关是否确属邻位、是否存在重叠,或选择适当的补充实验。报告同时保留证据充分程度与未决事项。
交付连接结构时,附上分子式来源、实验条件、原子编号、表5.10-1式逐峰指认、HMBC路径解释和矛盾清单。若只完成集合指认,应明确哪些原子仍不可区分;若结构仅在候选集合内可区分,也写清候选范围。Notre Dame的结构解析习题将多种谱放在同一问题中,适合继续训练这类完整记录;本节自编数据与图不转载其原谱。下一次解析可直接从已记录的未决事项选择实验。
习题 5.10-3 HMBC阳性和缺峰分别能排除什么?
交互中先只启用HSQC及碳类型,再加甲基到C1的HMBC,最后加入邻位COSY和未检出记录。每一步保留哪些候选?若COSY未经过邻位核验,结论应如何改写?
参考解答第一步保留A、B;C的CH与CH3数量不符。第二步仍保留A、B:A有三键甲基—羰基路径,B有最短四键路径,HMBC不提供固定键数标签。加入已核验邻位COSY后,B的C3与C4隔着无氢C2,不能满足此邻位前提,故仅A保留。缺峰记录不再减少候选,因为A的H5—C5—C1—C2三键路径不保证可检出。若仅有普通COSY阳性、未确认其邻位性质,应保留B作为需检验长程耦合的方案,不能宣称已经硬性排除。
关键术语
- 逐峰指认 (peak assignment)
- 将信号或多重峰区域映射到原子或原子集合的记录。
- 相关图 (correlation graph)
- 以信号为节点、以带实验类型的相关为边的表示。
- 分子图 (molecular graph)
- 以原子为节点、以具有键级的化学键为边的连接表示。
- 约束 (constraint)
- 候选必须满足或合理解释的观察及化学条件。
- 片段连接 (fragment assembly)
- 在计数、价态和实验条件下将局部结构组成候选的过程。
- 环闭合 (ring closure)
- 连接已有路径两端并满足剩余价键和不饱和度的步骤。
- 矛盾清单 (contradiction log)
- 逐项记录候选冲突、解释前提和处理结果的表。
- 集合指认 (group assignment)
- 保留不能独立区分的等价或暂未分辨原子的一组指认。
参考文献与延伸阅读
- Claridge, Timothy D. W. 2016. High-Resolution NMR Techniques in Organic Chemistry, 3rd ed. Elsevier. 结构解析与谱指认的方法参考。出版社书目与目录。
- Odell, Barbara; Claridge, Tim. 2009. A User Guide to Modern NMR Experiments. University of Oxford, Chemistry Research Laboratory. HMBC、HSQC和缺峰条件参考;年份按PDF页眉,文件名含2013不作出版年份依据。官方PDF。
- Silverstein, Robert M.; Webster, Francis X.; Kiemle, David; Bryce, David L. 2014. Spectrometric Identification of Organic Compounds, 8th ed. Wiley. 多谱联合鉴定的教材参考。出版社书目。
- Nowick, James S. Organic Spectroscopy, Chem 203: Problems from Previous Years’ Exams. University of California, Irvine. 等价环境及一维、二维联合解析练习;网页未标单一出版年份。课程题库。
- Smith, Bradley D.; Boggess, Bill; Zajicek, Jaroslav. Organic Structure Elucidation: A Workbook of Unknowns. University of Notre Dame. 多谱结构解析练习;网页未标单一出版年份。官方习题集。