第1章 · 1.6

1.6 结构表示与原子编号

Keeping Connectivity and Atom Labels Consistent
本节范围与学习目标
以乙酸乙酯的不同画法和编号映射建立结构核对,再说明指认表如何保留歧义、楔线怎样增加空间信息。
正文完整呈现;补充说明与参考资料可按需展开。

乙酸乙酯可以画成展开式、缩写式或骨架式,省略的符号不同,原子连接应当相同。解谱记录还会给这些原子编号,再把信号对应到具体位置。本节沿这一过程说明,怎样核对结构图,怎样建立标签映射,以及画法或编号改变时必须保留哪些化学信息。

1.6.1 换一种画法,连接关系仍须保持

展开式把原子与化学键逐一画出,缩写式把同一位置的氢合写成 CH3、CH2 等基团,骨架式则通常进一步省略碳符号和碳上氢。这些画法保留的核心是连接关系:哪些原子相连,相连的键是单、双还是三键。分子式只给元素总数,与这几种结构表示需要分别读取。

例如 CH3CH2OH 表示第一个碳连接第二个碳,再接氧和氧上氢;CH3OCH3 则把氧放在两个碳之间。两者都含两个碳、六个氢和一个氧,连接已经不同。分支也需要按括号位置读出:CH3CH(OH)CH3 中,OH 连接紧邻括号前的中间碳。抄写时保留总分子式,仍可能因为一根键或一个括号的位置而换成另一个结构。

骨架式的未标元素线端、折点和明确支化节点代表碳,O、N、卤素等按所标元素读取;随后依据已画的键与相应价态补回氢。每条线的中点不另增碳,环内空白也不增加原子。交叉线若没有明确说明相交处是否为节点,应重新绘图消除歧义。没有碳碳骨架的甲烷,直接写 CH4 比一个无标签的孤立点更清楚。

省略信息与未指定信息

骨架式省略的碳上氢可以依据明确价态补回。电荷需要与价态及电子计数核对,同位素与立体构型需要相应标记。原图含 D、电荷或楔线时,改成简写式仍需保留这些信息,或明确注明当前表示没有指定哪一项。

1.6.2 对乙酸乙酯进行两遍核对

图 1.6-1 把乙酸乙酯画成三种形式。为追踪相同位置,本例将酰基端甲基碳记为 C1,羰基碳记为 C2,单键氧后的亚甲基碳记为 C3,末端甲基碳记为 C4;羰基氧记为 Oa,连接两个碳的氧记为 Ob。这些是本例的追踪标签,尚不涉及系统命名的编号规则。

同一乙酸乙酯的三种画法A 展开式:八个氢均画出CCOCCOHHHHHHHHB 缩写式:氢与碳合写CH₃—C(=O)—O—CH₂—CH₃C 骨架式:附加位置标签OOC1C2C3C4C1:3H C2:0H C3:2H C4:3H标签追踪位置,不增加原子
图 1.6-1 乙酸乙酯的三种结构表示。展开式省略氧的孤对电子;C1—C4 按同一连接位置对应,骨架式旁的标签不代表额外原子。排版中的折角与长度不表示真实几何比例。

第一遍只核对元素与连接。从 C2 看,它与 Oa 形成双键,与 C1、Ob 各形成单键;Ob 的另一端连接 C3,C3 再连接 C4。第二遍补氢:C2 的键级之和为四,不带氢;C1 与 C4 各只有一条重原子单键,各带三个氢;C3 已连接 Ob 和 C4,带两个氢。Oa 的双键与 Ob 的两条单键满足本例中性氧的二价,都没有 O—H。

对省略碳氢键的骨架式,可把补氢过程写成式(1.6-1)。其中 \(h_i\) 为第 \(i\) 个通常中性四价碳上尚未画出的氢数,\(b_{ij}\) 为它与已明确连接原子 \(j\) 之间的键级,\(H_{\mathrm C}\) 为本例全部碳上氢数。这里骨架式省略了所有 C—H,求和使用重原子之间的已画连接。

\[h_i=4-\sum_j b_{ij},\qquad H_{\mathrm C}=3+0+2+3=8.\]
(1.6-1)

若某些氢已经显式画出并纳入键级求和,就不再把它们作为未画氢重复补入。对于本例,三、零、二、三的碳上氢数相加得到八,分子式为 C4H8O2。这项局部价态检查沿用通常中性四价碳的假设,不能直接应用于碳正离子、自由基或其他非常规电子结构。

总数相符后还要查连接

先比较各元素总数,再逐原子检查邻接对象。乙酸乙酯若被抄成丙酸甲酯,总组成仍相同,单键氧所连的含氢碳却从 CH2 换成 CH3。单凭分子式通过,不能证明结构图被正确转写。

习题 1.6-1 找出补氢错误

有人把图 1.6-1 中 C1、C2、C3、C4 的氢数写为 3、1、2、3,并给 Ob 再添一个氢。请逐位修正,说明两处错误的原因。

参考解答

C1、C3、C4 的计数保持 3、2、3。C2 已有一根双键和两根单键,键级总和为四,再添氢会超出本例碳的四价,因此应为 0。Ob 已与 C2、C3 各形成一根单键;若再添氢,便不能仍把它当作原图中的中性二价氧,原图也没有相应电荷标记。总氢数为 \(3+0+2+3=8\),分子式恢复为 C4H8O2。

1.6.3 标签说明指的是谁,不额外规定化学性质

原子编号为图中的位置分配可持续引用的标签。C1—C4 应在结构图、实验记录与指认表中保持一致;另一份资料若采用不同编号,需要根据连接位置建立映射。命名位次则是化学名称中按命名规则定位结构特征的符号,例如丁-2-醇中的“2”表示羟基所连的主链碳。本例给乙酸乙酯设置的 C1—C4 不能直接当作它的系统命名位次。

假设另一份记录从乙基末端反向编号,使用 B1—B4。对应关系为 C4→B1、C3→B2、C2→B3、C1→B4。核对时,C1—C2 单键变为 B4—B3,C2—Ob—C3 变为 B3—Ob—B2,C3—C4 变为 B2—B1;羰基仍连接原来的那个碳。标签改变,连接保持,才说明两份记录描述同一结构。

相连氢可以使用位置标签,例如 C1 上的氢集合记作 H-1,C3 上的氢集合记作 H-3。这里连字符后的数字指位置,左上角的 ¹H 则指核种,均不表示组内氢数。另列一栏写清 H-1 有三个氢、H-3 合计两个氢,可以避免按标签数字计算氢数。

若需分别追踪亚甲基的两个氢,可暂记为 H-3a、H-3b,并说明字母如何对应图中位置;空间归属需要另行取得证据。不同标签没有直接证明两个位置的化学位移不同,合用一个标签也没有直接证明氢等价。编号首先解决引用对象,对称性、运动和实验条件将用于后续的环境判断。

1.6.4 指认表怎样保留尚未解决的对应

指认是把观察到的谱学信息对应到结构位置。已有编号图后,可以先登记结构预期,再另列实验观察与对应依据。表 1.6-1 尚未使用任何实验谱图,三、零、二、三的氢数全部来自结构价态;它们不能被写成已经测得的积分。

表 1.6-1乙酸乙酯的结构登记表;尚未填入实验指认
碳标签直接连接的非氢原子氢标签与结构氢数实验对应状态
C1C2,单键H-1,3 H尚无观测值
C2C1、Ob,单键;Oa,双键无直接相连氢,0 H不设直接相连氢的信号栏
C3Ob、C4,单键H-3,合计 2 H尚无观测值
C4C3,单键H-4,3 H尚无观测值

设一个教学数据集给出三个互不重叠的信号 P、Q、R,相对氢数为三、二、三,并明确每个信号对应一个完整氢集合,候选仅限乙酸乙酯。表中只有 H-3 合计两个氢,因此 Q 可以对应 H-3;P 与 R 都对应三个氢,仅据数量还不能决定谁属于 H-1、谁属于 H-4。两行应先记录“P 或 R”,等待位移或连接证据补充。

这一匹配依赖题目给定的完整分组与无重叠条件,实际谱图的积分与重叠需要按实验检查。指认时既要从每个信号检查它被分配到哪里,也要从每个含氢位置检查是否已有观察支持。尚未解决的对应明确保留,可以发现重复分配、位置漏记以及把预测误写成观察等问题。

编号转换时,结构侧与实验侧必须同时更新。另一份资料说“Q 对应 B2 上的两个氢”,应先通过映射得知 B2 是本页 C3,再填入 H-3;直接按数字写成 H-2,会落到本页不带氢的羰基碳上。记录中应保留编号图与版本,使每次更新都能按相同连接回查。

习题 1.6-2 编号转换后的指认

已知另一份乙酸乙酯记录采用正文的 B1—B4 编号,并写“Q 对应 B2 上的 2 H”。本页能否直接把 Q 写入 H-2 一栏?另外,P 与 R 都对应 3 H,能否据此给它们确定唯一位置?

参考解答

不能按数字直接对应。先查映射,B2 对应本页 C3,因此 Q 应记入 H-3;本页 C2 是羰基碳,没有直接相连氢。P 与 R 的组内氢数相同,仅能确定它们分别属于 H-1、H-4,不能确定哪一个属于哪一位置。记录两种可能并注明“仅依据相对氢数”,待补充证据后再更新。

1.6.5 楔线在连接之外增加了什么信息

缩写式 CH3CH(OH)CH2CH3 已经确定丁-2-醇的连接:中间碳连接甲基、乙基、羟基和氢。这四个基团不同,该碳在此构成一个手性中心,允许两种镜像排列。普通缩写式没有选定其中一种排列,图 1.6-2 则用楔线增加这一空间信息。

丁-2-醇的一种楔线表示丁-2-醇:一种空间排列CCH₃CH₂CH₃OHH实楔:向前虚楔:向后连接不变;楔线增加空间信息
图 1.6-2 丁-2-醇的一种排列,实楔与虚楔的窄端均在中央碳一侧。图示不按实际键长或键角绘制,不能据此推断样品的实测构型、外消旋组成或对映体纯度。

本节按 Brecher 的 IUPAC 约定读取线型:实楔从纸面指向读者,虚楔伸向纸面后方,楔形窄端位于所描述的立体中心;普通线给出纸面内的参照键。楔线仍附着于已有单键,不增加原子,也不提高键级。图中的直角、长度和纸面位置用于表达关系,并非实测几何比例。

重画时需要同时追踪四个基团。整张图在纸面内转动可保持其空间排列;固定甲基、乙基后,只交换 OH 与 H,就改变了这个中心的构型。实楔并不固定对应 \(R\),虚楔也不固定对应 \(S\),这些构型描述符还依赖基团优先顺序,具体方法将在 6.6 节介绍。

未指定构型时如何记录

原资料没有指定四个基团的空间排列,就记录“构型未指定”。这既没有证明分子为平面,也没有说明两种镜像排列等量混合;后者称为外消旋组成。图中画出一种排列,同样不能单凭示意图证明真实样品的对映体纯度。

习题 1.6-3 哪些信息能够恢复

资料甲给出丁-2-醇的缩写式 CH3CH(OH)CH2CH3,资料乙给出图 1.6-2。两份资料分别能否确定总氢数、中央碳连接的四个基团以及选定的空间排列?甲是否说明样品为外消旋混合物?

参考解答

两份资料都给出相同连接,碳上氢数依次为 3、1、2、3,再加 OH 的一个氢,总数为 \(3+1+2+3+1=10\)。两者也都能确定中央碳连接甲基、乙基、羟基和氢。甲没有给出这四个基团的选定空间排列,乙则用楔线指定了一种。构型未指定不等于两种对映体等量混合,因而不能从甲推出外消旋组成。乙只是结构示意,图本身也不能证明真实样品的对映体纯度。

因此,一份可追踪的结构记录至少需要说明连接、所采用的原子标签,以及是否指定电荷、同位素与空间排列。下一节将利用这些信息比较连接相同或不同的异构体,并判断给定实验条件能否把它们区分。

补充:把连接结构写成 SMILES

SMILES 用字符序列表示原子及其连接,是后续计算软件的一种输入记法。按 Daylight 官方文档,CCO 表示乙醇,COC 表示二甲醚;CC(=O)OCC 表示乙酸乙酯。括号中的 =O 连接前面的第二个碳,读到单键氧之后的两个碳才确认该侧是乙基。

同一连接可以有不同的有效字符串,例如 CCO 与 OCC 都表示乙醇。遍历顺序和解析后的软件原子索引,不自动等于本页编号或化学命名位次。导入后仍应检查连接、补氢核对分子式,再建立标签映射。普通连接字符串若没有指定构型,也不能恢复原图未提供的空间信息。

结构字符串保存结构表示,谱图文件、采集条件与指认依据仍需另行关联。后续第8章的数据与计算讨论会使用这种区别;当前可以同时保存编号图和结构文本,使另一位读者能够按连接重建对应关系。

术语索引

关键术语

连接关系 (connectivity)
原子之间的成键关系及相应键级。
展开式 (displayed formula)
显式画出原子和化学键的结构表示,本节包含所有氢。
缩写式 (condensed formula)
将某些原子合写成基团,同时保留可辨认的连接顺序。
骨架式 (skeletal formula)
通常省略碳符号及碳上氢,用线端与节点表达碳骨架。
楔线式 (wedge-and-dash representation)
用普通键、实楔键和虚楔键表达相对纸面的空间方向。
手性中心 (chirality center)
本节指连接四种不同基团、产生两种镜像排列的四面体碳中心。
原子编号 (atom numbering)
为追踪结构中的原子分配并持续使用的标签体系。
命名位次 (locant)
化学名称中按命名规则定位结构特征的符号。
指认表 (assignment table)
记录观测与结构位置的对应关系、依据及未解决歧义的表格。
SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System)
用字符序列表示原子、键及可选立体信息的线性记法。
参考资料

参考文献与延伸阅读

  1. McMurry, John. 2023. Organic Chemistry, §1.12, “Drawing Chemical Structures”. OpenStax. 官方章节:展开、缩写与骨架表示。
  2. Brecher, Jonathan. 2006. “Graphical representation of stereochemical configuration (IUPAC Recommendations 2006)”. Pure and Applied Chemistry, 78(10), 1897–1970. DOI:楔线表示及避免歧义的约定。
  3. Daylight Chemical Information Systems, Inc. Daylight Theory Manual, Chapter 3, “SMILES — A Simplified Chemical Language”. 官方文档:原子、键、分支与可选立体信息,访问于 2026-10-11。
  4. Reusch, William H. Virtual Textbook of Organic Chemistry, “Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy”. Michigan State University;ACS Division of Organic Chemistry 托管。结构环境、积分与裂分的教学说明。
  5. Silverstein, Robert M.; Webster, Francis X.; Kiemle, David J.; Bryce, David L. 2014. Spectrometric Identification of Organic Compounds, 8th ed. Wiley. 出版社书目:结构鉴定中的多谱证据组织。